Деятельность Роспотребнадзора тесно связана с наукой. В состав службы входят 29 научно-исследовательских институтов гигиенического и эпидемиологического профилей.

В  службе   Роспотребнадзора по Республике Алтай сотрудники также занимаются наукой. Добиваться существенных научных результатов помогает тесное сотрудничество с 11 крупными научными центрами. Научная работа ведется по нескольким  направлениям: эпидемиологические особенности COVID-19; мониторинг клещевых инфекций, изучение новых видов инфекций, вызываемых клещами;  эпидемиологический надзор за биогельминтозами Республики Алтай; мониторинг природного очага чумы; влияние ракетно-космической деятельности на здоровье населения Республики Алтай; оценка влияния факторов внутришкольной среды на состояние здоровья учащихся; гигиеническая оценка фактического питания населения региона, формирование приверженности к здоровому образу жизни; перспективы использования региона в качестве зоны туристско-рекреационного типа, развитие туризма в регионе и прочее.

На протяжении  многих  лет ведется   мониторинг Сайлюгемского природного очага чумы, в том числе на сопредельной Монгольской территории. Работа проводится  совместно со специалистами ФКУЗ «Иркутский ордена Трудового Красного Знамени научно-исследовательский противочумный институт Сибири и Дальнего Востока» и учеными  Российского научно-исследовательского противочумного института "Микроб".

Более  8 лет проводится изучение очагов клещевых риккетсиозов в Республике Алтай. Исследования ведутся совместно с АО «Вектор-Бест» и ФБУН «Омский НИИ природноочаговых инфекций». Благодаря этой работе, под руководством доктора медицинских наук Лилии Щучиновой,  в последние годы выявлены очаги новой инфекции - клещевого риккетсиоза, вызываемого R. heilongjiangensis и апробированы новые методы диагностики этого заболевания (путем исследования смывов, забранных с места присасывания клеща, а также ПЦР-исследования цельной крови и плазмы от пациентов). Начато также изучение природных очагов лихорадки Ку и ГЛПС.

Республика Алтай является одним из субъектов Российской Федерации, территория которого используется для эпизодического падения отделяющихся частей  (ОЧ) ракет-носителей (РН) типа «Протон», «Союз», запускаемых с космодрома «Байконур». Беспокойство населения по поводу  влияния ракетно-космической деятельности на здоровье и окружающую среду побудило   организовать мониторинг влияния ракетно-космической деятельности на окружающую среду и здоровье населения. Это крайне важно не только для адекватной оценки этого влияния на жителей, но и для обеспечения санитарно-эпидемиологического благополучия населения, для обоснования управленческих решений, информирования гражданского общества, органов власти всех уровней об уровнях рисков для здоровья.

Научно-исследовательская работа позволяет врачам-гигиенистам  расширить профессиональный   кругозор, выйти за рамки обыденности, мыслить более масштабными категориями. Исследовательская деятельность помогает и в работе: выводы, изложенные в научных статьях, используются нами в дальнейшем на практике, для принятия решений, разработки профилактических мероприятий и их реализации.

В Роспотребнадзоре по Республике Алтай на постоянной основе  работают региональные отделения 2 научных обществ: Всероссийского научного медицинского общества гигиенистов и санитарных врачей и Всероссийского научно-практического общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов (ВНПОЭМП). Среди членов обществ 1 доктор медицинских наук, 2 кандидата медицинских наук и 1 кандидат биологических наук. Еще 2 человека в настоящий момент учатся в аспирантуре.

В последние годы практикуются совместные заседания научных обществ.

В прошедшем 2022 году, ставшим для Санитарно-эпидемиологической службы годом 100-летия и официального признания службы,  в Роспотребнадзоре по Республике Алтай проведена  Научно-практическая конференция «Профилактика, как основа благополучия населения. Современные вызовы и пути их решения». Конференция посвящена   100-летию Санитарно-эпидемиологической службы России.

На  Конференции представлены интереснейшие доклады   коллег    и исторические экскурсы развития лабораторной базы Центра гигиены и эпидемиологии, и    становления Алтайской противочумной станции,   разобран ход   эпидемиологического процесса заболеваемости СOVID-19 в регионе, а также разобраны проблемы   судебной практики по вопросам защиты прав потребителей.

По итогам конференции сформирован Сборник, в который вошли 47 научно-практических работ   сотрудников Роспотребнадзора, Центра гигиены и эпидемиологии в Республике Алтай, Алтайской противочумной станции, а также ученых Иркутского противочумного института и ведущих ученых Сибири.

Управление Роспотребнадзора по Республике Алтай проводит региональные научно-практические конференции по актуальным проблемам охраны окружающей среды и благополучия человека с 2002  года. На сегодняшний день издано 11 книг, посвященных деятельности   коллег и проводимых научно-практических исследований.

В 2022 году   представители Роспотребнадзора по Республике Алтай  принимали участие  в работе   XIII Съезда гигиенистов, токсикологов и санитарных врачей и XII Съезда Общероссийской общественной организации «Всероссийское научно-практическое общество эпидемиологов, микробиологов и паразитологов», с международным участием, приуроченных к  100-летию санитарно-эпидемиологической службы Российской Федерации, XVI Межгосударственной научно-практической конференции по вопросам санитарной охраны территории и снижения риска распространения чумы в г.Санкт-Петербурге, Межрегиональной научно-практической конференции «Актуальные вопросы гигиены в условиях современных вызовов» в г.Новосибирске, Межрегиональной научно-практической конференции «Формирование здорового образа жизни: традиции и инновации» в Горно-Алтайске.

В различных источниках за год опубликовано более 50 работ сотрудников Роспотребнадзора по Республике Алтай.

Среди сотрудников Роспотребнадзора по Республике Алтай   1 доктор медицинских наук, 2 кандидата медицинских наук и 1 кандидат биологических наук. Еще 2 человека   учатся в аспирантуре.